主人公＆仲間達

主人公 本作の（最初の）主人公。結婚式の最中にゲシュラーに襲われ、拐われた恋人を取り戻すために村を出発。旅の中で、自らが魔皇帝を倒すべき宿命を持った天帝の血族であることを知り、北斗や南斗の拳士達の力を得て魔皇帝軍との戦いを繰り広げた。 ファントムランドにて、恋人と息子と再会を果たすが、直後に魔皇帝の襲撃を受けて恋人が死亡。息子に拳を教える役目をレイに託し、自らは打倒魔皇帝の旅を続行。拐われたリンとルイを取り戻すため、天帝の聖地にて魔皇帝との対決に臨むが、死闘の末に敗北。戦いを見届けた息子に己の意思と拳を託し、息絶えた。

主人公の息子（二世）／１３番 天帝の血を引く父、魔皇帝の血を引く母の間に生まれた子供。額に流れ星の痣を持つ、2000年に一度生まれる最強の拳士。 ファントムランドの監獄の中で誕生。名前の無い囚人「１３番」として牢獄生活を強いられるが、父親の手によって解放され、家族との再会を果たした。その後、自らをかばって母親が死んだのを機に拳の道に進むことを決意。レイのもとで修行を積み、更にカイオウに挑んだ勇気を認められ、ラオウのもとで拳法を修得した。 その後、父と魔皇帝の死闘から闘いの心を学び、拳士として覚醒。父の拳と意思を継ぎ、打倒魔皇帝を目指し、数多くの仲間達の協力を得て「天帝拳」を完成。友の力を得て無限に力を増すその拳で、宿敵魔皇帝を打ち破り、この世に平安をもたらした。

水丸 リュウケンの弟子。 師リュウケンの遺言に従い、主人公の旅に同行。水ぐもを使って川を渡る忍びの術で主人公達に貢献。北斗の丘では、七拳士の一人としてケンシロウの封印を解くのに助力した。 師の仇であるザリガーと再度まみえた際、ザリガーが放った槍からマビイを庇い、瀕死に。残る最後の力でザリガーに止めを刺し、リュウケンの仇を討つと同時に、自らがマビイに想いを寄せていた事を告白。主人公に最後まで仕える事が出来なかったことを詫びながら、絶命した。

マビイ 弟のミトと共に旅芸人として渡り歩いている女。 酒場で群青一族に絡まれたり、ゲシュラーのナンパを断って監禁されたりするが、主人公たちの手によって救出。その後、ジューザに口説かれてついていったが、あまりにも気まぐれな性格に呆れて別離。レストリバーで水浴びをしていた時には数年ぶりに主人公達と再会した。 その後、旅芸人とは仮の姿であり、両親を殺したザリガーに復讐するために旅していた武道家の娘であったことが発覚。ザリガーの槍から主人公たちを守ろうとしたが、逆に水丸に救われ、死ぬ間際に愛の告白を受けた。その後は死んだ水丸に代わって主人公達の旅に同行し、戦いの後は水丸の墓を守る生き方を選んだ。

レイ／イナズマ 南斗水鳥拳の伝承者。 レジスタンス部隊「赤いイナズマ」のリーダーとして魔皇帝軍と戦いを繰り広げる中で、主人公達の仲間に加わり、ゲルバ撃破。闘いの中で正体を明かし、拐われた恋人のマミヤに危害が及ばぬよう、正体を画していたことを明らかにした。その後、主人公達と共に旅を続けた後、主人公の息子に拳を教えるため離脱。ペルシナの街で共に暫く拳を磨いた。 その後、死神三兄弟に捕らわれた５番を救おうとし、罠にかかり捕虜に。しかしユダの策略によって救われ、再び二世と共に旅へ。打倒魔皇帝のために助力し、すべてが終わった後、マミヤのもとへと戻った。

黒夜叉 ケンシロウの従者。 ゲルバ城の門番を倒し、門を開けて主人公たちを待っていた。その後仲間に加わるが、トキが仲間に加わると同時に離脱。影としての役割にもどった。 後に二世とユダの戦いの場に現れ、ユダの裏切りには理由があるはずだと戦いを制止。最後の闘いの前には、天魔の扉の地下に基地を作るなどして暗躍した。

ラオウ 北斗四兄弟の長兄。魔皇帝になりかわり、この世の覇権を握ることを目指している。主人公たちがグラントに苦戦しているところに颯爽と現れ、一瞬でグラントを撃破し、結果的に主人公を救った。 数年後、カイオウに果敢に挑む主人公の息子の姿を目撃。気を失うまで戦うその姿に心躍らされ、旅に同行させ、拳を教授。父と魔皇帝の激闘を見届けさせた後、二世をケンシロウに預け、行方をくらませた。 その後、最後の戦いに向かおうとする二世の前に現れ、仲間に。二世と魔皇帝の戦いを見届けた後、再び天を目指し、覇道へとのりだした。

トキ 北斗四兄弟の次兄。 ゲシュラー城の前で主人公達と出会い、主人公の宿命が北斗を呼び寄せたとして仲間に。共に旅を続け、北斗の丘で七拳士の一人としてケンシロウの封印を解いた。だがケンシロウを蘇らせるためには北斗の息吹が必要だとして、己のオーラのすべてを捧げ、絶命。

ジュウザ 南斗五車星の一人。悪党から奪った女たちと共に、フリークレセントの街で暮らしている。女達にご馳走するために魔皇帝部隊を壊滅させるなど、きままに暮らしている。 旅芸人マビイの噂を聞き、自分に女にせんと村を出発。ゲシュラータウンに捕らわれているマビイを助けようとし、主人公達に一歩先んじられてしまうが、めげずにナンパしたところあっさりと成功。その後暫くは共に暮らしたが、きまぐれすぎる性格に愛想をつかされてしまった。主人公たちが谷底に落とされそうになった際には、マビイの恩人だとしてロープを投げて救ってくれる。 最後の戦いを前にマビイに協力を求められるが、面倒くさいと言って拒否。しかし周りの女たちからも呆れたとの声を受けてしまい、しぶしぶ二世に協力。最後にもう一度マビイに声をかけたが、復縁は出来なかった。

シュウ 南斗白鷺拳の伝承者。魔皇帝軍に対抗し、レジスタンスとして戦いを繰り広げている。 ギルガー城で地雷に手を焼いていたとき、息子シバが犠牲となって道を開拓。シバの心と共にギルガーを打ち破り、その後、仁星の光で天帝ルイの視力を取り戻した。 海の向こうに北斗神拳の使い手が現れたとの情報を手に入れ、主人公達と共に海の向こうへ。パサリー鉱山が崩落した際には、残った人々を守るために大怪我を負ったが、ユダによって救われた。 ブルース城では、南斗のカガミの眩さを唯一障害にせず、二世達をブルースの元に誘導。同じ盲目の拳士であるブルースに、敗因は心の眼を開いていなかったことだと教え、ブルースの中にのこっていた最後の愛で、彼の心の眼を開かせた。

飛丸／５番 ファントムランドの監獄に「５番」として捕らえられていた子供。 持ち前の素早さを武器に、壁を破って脱獄。門番からグランドール城の鍵を盗んだり、獄内の壁を動かせる仕掛けを作ったりなどして主人公の力になった。 ペルシナの修行場で拳を磨き、拳士へと成長。その後、死神三兄弟に挑んで捕らえられたが、ユダの策略によって解放。レイより飛丸の名を貰い、かつて牢獄で一緒だった二世（13番）の旅に同行することに。打倒魔皇帝のため、天魔の扉の破壊や、天帝拳の完成に力を貸した。

ヒョウ 北斗琉拳の使い手。ケンシロウの実の兄。 ケンシロウを蘇らせるために必要な七人の拳士を集めるため、北斗神拳伝承者を名乗って噂を広める作戦を展開。訪れた主人公達に、残る２人の拳士を連れてくるよう依頼し、シン、サウザーを加えた七人の拳士の力でケンシロウを復活させた。 その後、犠牲となったサウザーやトキを葬るために留まるが、最後の戦いを直前に迎え出陣。他の拳士達と共に、天魔の扉の破壊などに助力した。

シン 南斗六聖拳の一人。殉星をもつ。 かつてサザンクロスを支配していたが、ユリアが身を投げた事にショックを受け、バーで酒に溺れる日々に。しかしユリアのリングによって魂を蘇らせ、ケンシロウ復活に力を貸してほしいとの要請を承諾。七拳士の一人としてケンの封印の解除に助力した。 その後、残党を始末するために留まるが、最後の戦いを直前に迎え出陣。他の拳士達と共に、天魔の扉の破壊などに助力した。

ケンシロウ 北斗神拳の伝承者。 大地の裂け目に落ちて死んだとされていたが、自らを仮死状態にして生き永らえていたことが明らかに。しかし復活を恐れた魔皇帝によって封印され、数年間眠り続けた。 後にサウザーとトキの犠牲を経て復活。主人公やその息子等と共に旅を続け、打倒魔皇帝のために助力した。その後、死んだとされていたユリアと再会し、一旦は死別したものの、魔皇帝のオーラで復活したユリアと二度目の再会を果たした。

フドウ 南斗五車星の一人。 養っていた孤児達をガイギーにかどわかされ、そのショックで記憶を喪失。その隙をつかれ、マイダラの妖術にかかり、魔皇帝に服従を誓う傀儡として二世達に襲い掛かった。 その後、マイダラの死と子供達の帰還によって正気に戻るが、子供達を置いてはいけないと留まる事を選択。しかし子供達に背を押され、二世と共に戦うことを決意。自慢の力で落石を支えるなどして活躍した。

ファルコ 元斗皇拳の伝承者。 ジャコウの罠にかかり、秘密の地下室に閉じ込められていたが、二世達の活躍により解放。代々伝わる天帝のマントを二世に渡し、共に魔皇帝と戦うため、旅の仲間に。打倒魔皇帝のため、天魔の扉の破壊や、天帝拳の完成に力を貸した。

ユダ 妖星を持つ南斗紅鶴拳の伝承者。 死神３兄弟に捕まったレイを助けるため、魔皇帝側についたフリをし、二世達と対決。その後真相を明かし、自らの立場を利用して、二世達を死神３兄弟のもとへ誘導。城では死神３兄弟と共に二世達に襲い掛かかるフリをしながら、突然の裏切りで、見事に３兄弟を打ち破った。 その後、他の拳士達と共に二世の打倒魔皇帝に協力。天魔の扉の破壊や、天帝拳の完成に力を貸した。

カイオウ 北斗琉拳の使い手。 かつてペルシナの街を支配していたとき、主人公の息子に戦いを挑まれるが、歯牙にもかけず一蹴。その後は北斗琉拳の村へと身を移し、シャチと共に村を守っていた。 その後暫く行方不明となっていたが、天魔の扉を破ろうとする二世達の前に現れ、扉の破壊に協力。再び行方を眩ますも、魔皇帝城で二世と再会し、共に魔皇帝のもとへ。激闘の末に魔皇帝（影武者）と相打ったが、最後に残った力で山を吹き飛ばし、本物の魔皇帝の城へと道を開いた。